Latias Y Latios

Latias y Latios son el equivalente a los gatos o perros legendarios de los juegos Pokémon Gold, Silver y Crystal.
Para atraparlos no hay truco ni manera de rastrearlos. Una vez pasada la Liga Hoenn, Latias y Latios pueden aparecer en cualquier momento y en en cualquier parte del mapa de Hoenn y su aparición depende ciento por ciento de la suerte del jugador. 
Vale aclarar que Latias solamente aparece en Pokémon Zafiro mientras que Latios solo aparece en Pokémon Rubí y los dos son de nivel 40. También se encuentran en la Southern Island ( Isla Sureña ).

Latias

Latios

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Rayquaza

Rayquaza

 Rayquaza es otro de los Pokémon legendarios que solo puede ser encontrado después de haber pasado victorioso la Liga Hoenn.
Al pasar la liga, el camino antes bloqueado a una isla en la Ruta 131 llamada Sky Pillar ( Pilar del Cielo ) queda libre y se puede acceder a ella. 

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Los Tres Regi

Regice

Regirock

Registeel

Regice ( Regi Hielo ): Se encuentra en una cueva llamada Island Cave en la Ruta 105. Para atraparlo, una vez dentro de la cueva, pararse frente a la inscripción y apretar el botón A y luego espera un tiempo. Al rato, se abre una entrada en la pared y dentro de la segunda cueva esta Regice en nivel 40. 

Regirock ( Regi Roca ): Se encuentra en las Desert Ruins en lo más alejado del desierto de la Ruta 111. Para atrapar a este Regi, hay que caminar hasta la inscripción en la pared de la cueva y moverse dos pasos a la derecha y luego dos pasos abajo y ahí usar Strenght. en ese momento una entrada se abre en la inscripción y más allá de esa entrada esta Regirock en nivel 40.

Registeel ( Regi Acero ): Este Pokémon se encuentra en una cueva en la curva de la Ruta 120 en una planicie donde está lloviendo. Para atrapar a este Regi, hay que pararse en el mismo centro de la Ancient Tomb y usar Fly para abrir la entrada a donde se encuentra Registeel en nivel 40.

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Wynaut y Azurill

Wynaut

Azurill

Wynaut se puede obtener ya sea del huevo que te regalan en Mt Chimney o si tenés mucha suerte, en la Mirage Island ( Isla Ilusión ). Pero para los que los quieren criar por si mismos, primero necesitan un ítem, el LAX INCENSE, que se puede encontrar en el Mt. Pyre. Para obtener un huevo de Wynaut, tenés que atrapar en la Zona Safari un Wobuffet macho y uno hembra y llevarlos a Mauville City al Day Care Center y al macho darle a tener el ítem LAX INCENSE, al tiempo, el hombre del Day Care Center te avisa que tus pokemon pusieron un huevo y te pregunta si te gustaría criarlo. Al llevar al huevo en tu grupo, al poco tiempo nace y de esa forma el huevo se convierte en un Wynaut. Sin el LAX INCENSE, nace un Wobuffet común.

Con Azurill pasa lo mismo, solo que el ítem que hay que darle al Marill o Azumarill macho es el SEA INCENSE, que también se puede encontrar en el Mt. Pyre. 

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Kyogre y Groudon

Kyogre

Groudon

Estos Pokémon son uno de los protagonistas del juego, cada uno en si versión, ya que Groudon solo se encuentra en Pokémon Ruby y a su vez, Kyogre solo se encuentra en Pokémon Sapphire. En cada una de las versiones, cada uno de estos súper-antiguos Pokémon, es el centro del plan maligno ya sea del Team Magma en Ruby o el Team Aqua en Sapphire. Estos Pokémon se encuentran en la Cave Of Origin en Sootopolis City.